Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) merupakan bentuk pengembangan dan peningkatan serta pemantapan status dari Fakultas cabang IAIN Sunan Ampel yang berada di luar induknya, yang tersebar di berbagai daerah, menjadi perguruan tinggi yang mandiri. Dengan status kemandiriannya itu STAIN Tulungagung diharapkan akan mempunyai peran yang semakin penting dan mantap dalam meningkatkan kecerdasan, harkat dan martabat bangsa, dengan menghasilkan tenaga ahli/sarjana Islam yang memiliki wawasan yang luas dan terbuka, kemampuan berfikir integratif dan perspektif yang memiliki kemampuan manajerial dan profesionalisme sesuai dengan tuntutan kebutuhan masyarakat dalam era globalisasi saat ini.
Bermuladari kesadaran para tokoh masyarakat dan ulama’ Tulungagung akan arti penting pendidikan tinggi Islam, maka dihimpunlah para tokoh masyarakat, ulama’ dan para sarjana yang peduli terhadap pembinaan umat, di antaranya adalah:
1. KH. Arief Mustaqiem DA., (Tulungagung, Almarhum)
2. Drs. Ali Mahfud Mashuri (Semarang Jawa Tengah)
3. Drs. Abdul Fatah Ghozali (Bandung Jawa Barat, Almarhum)
4. Soetahar, MA. (Tulungagung)
5. Hj. Sunsufi Arief, BA. (Isteri KH. Arief Mustaqiem DA., Tulungagung)
6. Drs. Murtadho (Tulungagung)
7. Drs. Subari Hasan (almarhum)
8. Drs. Nurul Hadi(almarhum)
9. Masrifah, B.Sc.
10. H. Mahmud, BA.
11. Drs. Habib (almarhum)
Dari hasil pertemuan tersebut, maka dirintislah yayasan yang bertugas membentuk Sekolah Persiapan (SP) dengan nama Yayasan Islam Sunan Rahmat. Pada tahun 1966 berdirilah SP IAI Singoleksono, yang bertempat di Pondok Haji Yamani KampungdalemTulungagung bersama dengan Madrasah Mu’alimat dan berjalan sampai dengan 1968 (2 tahun). Kepala SP IAI Singoleksono adalah KH. Arief Mustaqiem.
SetelahSP Singoleksono berdiri, maka Yayasan Islam Sunan Rahmat yang diketuai Bapak K.H. Arief Mustaqiem dengan didukung tenaga pengajar SP Singoleksono dan para tokoh masyarakat dan ulama’ Tulungagung berinisiatif mendirikan Perguruan Tinggi Islam (SP IAIN dan Fakultas Tarbiyah IAIN) sebagai kelanjutan dari SP Singoleksono. Para tokoh tersebut diantaranya:
1. KH. Arief Mustaqiem DA., (Tulungagung, Almarhum)
2. Drs. Abdul Fatah Ghozali (Bandung Jawa Barat, Almarhum)
3. Drs. Ali Mahfud Mashuri (Semarang Jawa Tengah)
4. Drs. Murtadho (Tulungagung)
5. Soetahar, MA. (Tulungagung)
6. Muharri Ridwan, L.Ph. (Kandangan Pare Kediri, Almarhum)
7. Drs. Subari Hasan (Sendang, Tulungagung, Almarhum)
8. Drs. Nurul Hadi (Tawangsari, Tulungagung, Almarhum)
9. Drs. Habib (Tulungagung, Almarhum)
Selain nama-nama pendiri di atas, para pendiri yangterlibat dalam pendirian SP IAI Singoleksono memberikan kontribusi yang signifikan terhadap berdirinya IAIN. Orang-orang tersebut adalah KH. Oesman Mansur (Malang) dan Bukhori, L.AS. (Malang).
Pada 1968, bertepatan dengan diberikannya kewenangan dari IAIN Sunan Ampel Surabaya untuk membuka fakultas daerah (di luar induk), usaha para pendiri membuahkan hasil dengan disetujuinya pendirian perguruan tinggi negeri setingkat fakultas yaitu Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Ampel Cabang Tulungagung yang diresmikan bersama-sama SP IAIN (dari SP Singoleksono) pada hari Jum’at tanggal 1 Jumadil akhir 1388 H. bertepatan dengan 26 Juli 1968 M. oleh Menteri Agama RI. KH. Achmad Dahlan, berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama tertanggal 17 Juli 1968. Sehingga IAIN Sunan Ampel Cabang Tulungagung berdiri sebagai kelanjutan dari SP IAIN.
Setelah menjadi Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Ampel Cabang Tulungagung dan setelah mendapatkan ijin dari Pemerintah Daerah Panglima Penguasa Perang (sekarang KODIM) dan Kapolres, letak kampus pindah ke Gedung Chung Wa Chung Wi bersama-sama dengan SP IAIN (lalu menjadi MAN), STM Negeri Tulungagung, PG SLP Tulungagung dan SMA Kartini Tulungagung dengan menempati tanah areal ± 1 Ha. di jalan Bakung (sekarang Jl. KH. Agus Salim). Pada tahun 1986 Gedung Chung Wa Chung Wi diambil alih oleh Pemerintah Daerah Tk. II Tulungagung yang sekarang menjadi pusat pertokoan Belga. Sedangkan semua lembaga pendidikan yang menempati areal tersebut dipindahkan ke tempat lain termasuk Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Ampel Tulungagung. Pada tahun 1982-1984 Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Ampel telah memiliki tanah dan gedung sendiri di Jalan Mayor Sujadi Timur No. 46 Plosokandang Tulungagung, sehingga pada tahun 1986 seluruh kegiatan perkuliahan dipindahkan dari kampus Jalan Agus Salim ke kampus Jalan Mayor Sujadi Timur Plosokandang sampai sekarang.
Mengingatlokasi Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Ampel Tulungagung bukan milik sendiri, maka pada pertengahan tahun 1970 para pengelola telah mendapatkan lokasi yang strategis untuk mengembangkan Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Ampel Tulungagung yaitu tepatnya di wilayah Beji seluas 5.4 Ha. (sekarang menjadi komplek perumahan Telkom), akan tetapi karena ada persoalan administratif yang belum terpenuhi, sedangkan Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Ampel Tulungagung harus segera berbenah dan mengembangkan diri, maka pada tahun 1982 para pengelola mempertimbangkan lokasi baru dan dipilihlah tanah di Jalan Mayor Sujadi Timur tepatnya di Desa Plosokandang Kec. Kedungwaru Kabupaten Tulungagung sebagai tempat pengembangan kampus. Pertimbangan utama menentukan lokasi di Desa Plosokandang ini karena berada pada jalur strategis (jalan utama Tulungagung-Blitar-Malang). Tanah seluas ± 1 Ha ini merupakan tanah hasil pembelian seharga Rp. 31 juta dari APBN tahun 1982-1983.
Struktur pimpinanFakultas Tarbiyah IAIN Sunan Ampel Cabang Tulungagung pada periode ke periode adalah sebagai berikut:
I. Struktur Pimpinan Periode 1968-1970
1. Dekan : KH. Arief Mustaqiem DA.
2. Wakil Dekan I : Drs. Abdul Fattah Ghozali
3. Wakil Dekan II : Drs. Ali Mahfud Mashuri
4. Wakil Dekan III : Muharri Ridwan, L.Ph.
II. Struktur Pimpinan Periode 1970-1972
1. Dekan : KH. Arief Mustaqiem DA.
2. Wakil Dekan I : Drs. Abdul Fattah Ghozali
3. Wakil Dekan II : Drs. Ali Mahfud Mashuri
4. Wakil Dekan III : Soetahar, M.A.
III. Struktur Pimpinan Periode 1972-1975
1. Dekan : KH. Arief Mustaqiem
2. Wakil Dekan I : Drs. Habib
3. Wakil Dekan II : Drs. Ali Mahfud Mashuri
4. Wakil Dekan III : Drs. Murtadho
IV. Struktur Pimpinan Periode 1975-1979
1. Dekan : Drs. Murtadho
2. Wakil Dekan I : Drs. Habib
3. Wakil Dekan II : Drs. Marsam
4. Wakil Dekan III : Drs. Murtadho (Rangkap Jabatan)
5. Sekretaris : Drs. Subari Hasan
V. Struktur Pimpinan Periode 1979-1982
1. Dekan : Drs. Murtadho
2. Wakil Dekan I : Drs. Subari Hasan
3. Wakil Dekan II : Drs. Marsam
4. Wakil Dekan III : Drs. Murtadho (Rangkap Jabatan)
Pada1984 Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Ampel Cabang Tulungagung, yang semula berada di jalan KH. Agus Salim, secara resmi pindah ke lokasi baru, yaitu Jl. Mayor Sujadi Timur 46 Tulungagung, sampai sekarang. BerdasarkanKeputusan Presiden RI Nomor 33 Tahun 1985 tentang pokok-pokok Organisasi IAIN, Fakultas cabang resmi menjadi Fakultas Tarbiyah Tulungagung IAIN Sunan Ampel dalam Keputusan Menteri Agama RI. No. 17 Tahun 1988. Fakultas Tarbiyah Tulungagung IAIN Sunan Ampel yang semula hanya mengelola program Bakaloriat (BA; Sarjana Muda), pada 1985 diberi hak untuk membuka program Sarjana (S-1) dengan menggunakan Sistem Kredit Semester (SKS).
Komposisikepemimpinan Fakultas Tarbiyah Tulungagung IAIN Sunan Ampel adalah sebagai berikut:
I. Struktur Pimpinan Periode 1982-1985
1. Dekan : Drs. Subari Hasan
2. Pembantu Dekan I : Drs. Muharom, PH.
3. Pembantu Dekan II : Drs. Siswadi
4. Pembantu Dekan III : Drs. Moh. Basyir Syu’aib
II. Struktur Pimpinan Periode 1985-1988
1. Dekan : Drs. H. Subari Hasan
2. Pembantu Dekan I : Drs. H. Muharom Ph.
3. Pembantu Dekan II : Drs. Moh. Basyir Syu’aib
4. Pembantu Dekan III : Drs. Siswadi
III. Struktur Pimpinan Periode 1988-1991
1. Dekan : Drs. KH. Abdul Mudjib
2. Pembantu Dekan I : Drs. H. Subari Hasan
3. Pembantu Dekan II : Drs. Ahmad A.
4. Pembantu Dekan III : Drs. Muharom Ph.
IV. Struktur Pimpinan Periode 1991-1994
1. Dekan : Drs. KH. Abdul Mudjib
2. Pembantu Dekan I : Drs. H. Subari Hasan
3. Pembantu Dekan II : Dra. Ahmad A. (karena persiun pada 1992,
digantiDra. Hj. Nursjamsiyah Yusuf)
4. Pembantu Dekan III : Drs. Muharom Ph.
V. Struktur Pimpinan Periode 1994-1997
1. Dekan : Drs. H. Murtadho
2. Pembantu Dekan I : Drs. Muwahid Shulhan
3. Pembantu Dekan II : Dra. Hj. Nursjamsiyah Yusuf
4. Pembantu Dekan III : Drs. H. Muharom, Ph. (Meninggal dunia 1995 dan
diganti Plh.Drs. Abdul Manab)
VI. Struktur Pimpinan Periode 1997-1998
1. Dekan : Drs. H. Murtadho
2. Pembantu Dekan I : Drs. Muwahid Shulhan
3. Pembantu Dekan II : Drs. H. Abdul Manab.
4. Pembantu Dekan III : Dra. Hj. Nursyamsiyah Yusuf
Sebagai upaya pemerintah untuk mengembangkan lembaga pendidikan tinggi Islam, khususnya yang berstatus Fakultas daerah (cabang), maka diterbitkan Surat Keputusan Presiden (Kepres) Nomor 11 Tahun 1997 tentang Pendirian Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri dan Keputusan Menteri Agama RI No. 315 Tahun 1997 tentang Organisasi dan Tata Kerja STAIN Tulungagung, Keputusan Menteri Agama RI. No. 348 Tahun 1997 tentang Statuta STAIN Tulungagung, Keputusan Dirjen Binbaga Islam Nomor : E/136/1997 tentang alih status dari Fakultas daerah menjadi STAIN dan Persetujuan Menteri Negara Pendayagunaan Aparatur Negara (PAN) No.8.589/I/1997 tentang pendirian STAIN, yang telah merubah status semua fakultas cabang yang berada di bawah IAIN di seluruh Indonesia menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN), termasuk Fakultas Tarbiyah di Tulungagung yang semula bagian dari Fakultas cabang IAIN Sunan Ampel.
Pada periode ini kepemimpinan STAIN Tulungagung yang semula 3 (tiga) tahun menjadi 4 (empat) tahun, yaitu sebagai berikut :
I. Struktur Pimpinan Periode 1998-2002
1. Ketua : Drs. H. Muwahid Shulhan, M.Ag.
2. Pembantu Ketua I : Drs. H. Munardji, M.Ag.
3. Pembantu Ketua II : Drs. HRB. Nur Yakin (meninggal dunia pada 2000
dan diganti Drs. H. Muhadi Latief, M.Ag.)
4. PembantuKetua III : Drs. H. Abdul Manab
II. Struktur Pimpinan Periode 2002-2006
1. Ketua : Drs. H. Achmad Patoni, M.Ag.
2. Pembantu Ketua I : Prof. Dr. Mujamil, M.Ag.
3. Pembantu Ketua II : Drs. H. Ali Rohmad, M.Ag
4. Pembantu Ketua III : Drs. H. M. Saifudin Z, M.Ag
5. Pembantu Ketua IV : Drs. H. Akhyak, M.Ag
III. Struktur Pimpinan Periode 2006-2010
1. Ketua : Prof. DR. H. Mujamil, M.Ag.
2. Pembantu Ketua I : Dra. Hj. Retno Indayati, M.Ag
3. Pembantu Ketua II : Drs. H. Ali Rohmad, M.Ag
4. Pembantu Ketua III : Drs. H.M. Saifudin Zuhri, M.Ag
5. Pembantu Ketua IV : Prof. DR. H. Imam Fuadi, M.Ag
IV. Struktur Pimpinan Periode 2010-2014
1. Ketua : DR. Maftukhin, M.Ag.
2. Pemb. Ketua I : Prof. Dr. H. Imam Fuadi, M.Ag.
3. Pemb. Ketua II : Dr. H. M. Saifuddin Zuhri, M.Ag
4. Pemb. Ketua III : Dr. Nur Efendi, M.Ag.
V. Struktur Pimpinan Periode 2014-2018
1. Rektor : DR. Maftukhin, M.Ag.
2. Wakil Rektor I : Prof. Dr. H. Imam Fuadi, M.Ag.
3. Wakil Rektor II : Dr. H. M. Saifuddin Zuhri, M.Ag
4. Wakil Rektor III : Dr. Nur Efendi, M.Ag.